资源介绍
CLC Genomics Workbench 是 Windows 上一款常用的生物信息学综合分析软件，主要用于基因组学，转录组学和表观遗传组学的数据分析。支持 SAM、BAM、BED 等多种数据格式，方便与其他生物信息学软件进行数据交换。还具有良好的可视化功能，能以丰富的图表展示分析结果，并且可以自动保存上一次分析的结果，便于用户进行不同参数的比较和分析。
- 序列处理与质量控制：可进行序列质量控制和修剪，去除噪声和低质量序列，保留高质量数据用于后续分析，支持 FASTA、FASTQ 等常用数据格式。
- 序列比对与组装：序列比对功能支持 short reads、long reads 及 paired reads，可进行空位比对和非空位比对，能将序列比对到任意大小的基因组上。De novo assembly 功能可拼装任意大小的基因组，还可在同一分析中对多种不同类型数据进行从头拼装。
- 变异检测与分析：提供基于 NQS 算法的自动化 SNP 检测，如果参考序列带有 ORF 或者 CDS 注释，还能报告 SNP 是同义突变还是非同义突变，用户可通过图形界面轻松识别 SNP。
- 基因表达分析：在 RNA – seq 分析中，可计算基因和转录本的表达值，如 Total Counts、Unique Counts、TPM 和 RPKM 等，并可将统计结果以火山图、热图、PCA 图和维恩图等形式进行可视化。
- 表观基因组学分析：含有全套整合的 ChIP 测序分析方案，用户可将数据比对到参考序列，获得 ChIP 测序结果的高级视图和图表输出，可处理单个样本或比较 ChIP 样本和对照样本的数据。
- 微生物基因组分析：可完成病原微生物溯源、纯株测序数据、宏基因组、16S/18S/ITS 等数据分析，帮助获得系统进化树、物种丰度和多样性、耐药和毒力基因、功能注释、代谢通路、MLST 分型等结果。
- 工作流与模板：提供模板工作流，如 Identify DNA Germline Variants、RNA – Seq and Differential Gene Expression Analysis 等，用户可按原样运行或根据需求复制和自定义。
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